Михаил Мишустин родился 3 марта 1966 года в Москве. В 1989 году окончил Московский станкоинструментальный институт, в 1992 году в этом же институте окончил аспирантуру.

После учебы работал директором тестовой лаборатории, затем возглавил правление общественной некоммерческой организации Международный компьютерный клуб.

В 1998 году поступил на госслужбу в должности помощника по информационным системам учета и контроля за поступлением налоговых платежей руководителя Государственной налоговой службы Российской Федерации. Затем работал в ранге заместителя министра Российской Федерации по налогам и сборам, руководителем Федерального агентства кадастра объектов недвижимости (Роснедвижимость), руководителем Федерального агентства по управлению особыми экономическими зонами (РосОЭЗ).

В 2008 году ушел по собственному желанию с государственной службы. Михаил Мишустин 2 года работал в должности президента UFG Capital Partners и управляющего партнёра группы UFG Asset Management. В этих компаниях он курировал проекты по запуску венчурного фонда, фондов недвижимости, а также развитие бизнеса в регионах.

В 2009 году он попадает в кадровый резерв президента России. В 2010 году возвращается на государственную службу на должность руководителя Федеральной налоговой службы.

С именем чиновника связаны такие инициативы, как внедрение электронной цифровой подписи, ИНН и другие. При Мишустине началось внедрение онлайн-касс, снизилось число проверок бизнеса в пользу аналитики получаемых данных.

В 2003 году защитил диссертацию на степень кандидата экономических наук по теме «Механизм государственного налогового администрирования в России», а в 2010 году — диссертацию на степень доктора экономических наук по теме «Стратегия формирования имущественного налогообложения в России». Награжден Орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, Орденом Почёта и Почётной грамотой Президента Российской Федерации.

Михаил Мишустин женат, воспитывает 3 сыновей.