Сергей Беляков родился 26 июня 1973 в Москве. После школы, в 1991 году, попал в армию и оставался военнослужащим до 1999 года. В 1991 – 1993 проходил срочную службу, затем обучался в Академии Федеральной службы безопасности по направлению «Юриспруденция». После академии в 1998-1999 годах служил в Карелии в пограничных войсках.

В 2001-2002 годах был советником генеральной дирекции Международного фонда экономических и социальных реформ «Реформа». После этого работал в ГК «Базовый элемент». В компании занимал должности главного специалиста департамента внешних связей, советника заместителя генерального директора, советника управления по взаимодействию с государственными и общественными организациями.

В 2005 году работал на посту помощника президента Российского союза промышленников и предпринимателей, совмещал с должностью заместителя руководителя налогового комитета.

В 2008 году Сергей Беляков пришел в Министерство экономического развития на должность советника министра. В 2009 году назначен на должность директора департамента инвестиционной политики и развития частно-государственного партнёрства.

В августе 2012 года стал заместителем министра экономического развития. В июне 2013 года ему присвоили чин «действительный государственный советник 2 класса».

В августе 2014 года был уволен за критику решения Правительства, касающегося пенсионных накоплений. В сентябре занял должность председателя правления фонда «Петербургский международный экономический форум». Но через год покинул фонд. Затем занимал пост председателя правления Национальной ассоциации агентств инвестиций и развития. С 2016 года являлся президентом Ассоциации негосударственных пенсионных фондов «Альянс пенсионных фондов».

С 2017 года входит в состав Общественного совета при Министерстве финансов Российской Федерации, Совета финансового рынка, Совета директоров АО «Эксперт РА». В 2018 году избран в Совет по профессиональным квалификациям финансового рынка.

В июле 2018 года избран председателем Президиума Ассоциации компаний розничной торговли. В ноябре 2018 года назначен председателем Комиссии РСПП по торговле и потребительскому рынку. На этой должности он сменил Сергея Галицкого. 

Летом 2021 года перешел на работу в Ozon в статусе управляющего директора, где занялся в том числе развитием электронной коммерции.